Wiarygodna analiza process mining wymaga, aby system źródłowy rejestrował każdy istotny krok procesu, a nie tylko jego początek i koniec. Brak zapisu pośrednich czynności prowadzi do sztucznie uproszczonego obrazu procesu, w którym rzeczywiste wąskie gardła pozostają niewidoczne.
Gdy dane pochodzą z kilku różnych systemów źródłowych, istotne jest zapewnienie spójności strefy czasowej i formatu znaczników czasu — rozbieżność nawet kilku godzin między systemami może prowadzić do błędnego wyznaczenia kolejności czynności w rekonstruowanym procesie.
W środowiskach rozproszonych, gdzie poszczególne systemy działają na niezależnej infrastrukturze, praktyka pokazuje, że warto zweryfikować synchronizację zegarów systemowych przed rozpoczęciem ekstrakcji danych do analizy.
Poziom szczegółowości rejestrowanych zdarzeń powinien odpowiadać celowi analizy — nadmiernie szczegółowy log, rejestrujący każde kliknięcie w interfejsie, utrudnia interpretację wyników na poziomie procesu biznesowego, podczas gdy zbyt ogólny log ukrywa istotne różnice między wariantami.
Przed właściwą analizą dane zwykle przechodzą etap czyszczenia, obejmujący usunięcie duplikatów zdarzeń, uzupełnienie brakujących identyfikatorów egzemplarza procesu oraz ujednolicenie nazewnictwa czynności pochodzących z różnych systemów źródłowych.